新垣結衣さんのルーツは沖縄県那覇市にあります。地元の那覇市立開南小学校に通っていた当時から、すでに周囲の目を引く存在でしたが、性格はいたって物静かで、前に出るタイプではなかったといいます。
小学校卒業後は、転居に伴って島尻郡大里村(現在の南城市)にある大里中学校へと進学しました。自然豊かな環境にあるこの学び舎で、彼女は人生の大きな転機を迎えることになります。中学1年生だった2001年、3姉妹の末っ子だった新垣さんは、愛読していた女子小中学生向けティーン誌『ニコラ』(新潮社)のオーディションに、姉から「私は年齢制限で受けられないから、代わりに応募してみなさい」と強く勧められて挑戦しました。このデビュー秘話はファンの間でも広く知られており、見事に第4回読者モデルオーディションでグランプリを獲得しています。
メディアでたびたび紹介される当時の卒アル写真や中学生時代のスナップを見ると、飾らない素朴な少女の姿が記録されています。のちに週刊誌『FLASH』などが当時の取材秘話を振り返った記事でも、あどけなさが残る一方で、すでに完成された顔の輪郭と真っ直ぐな瞳が印象的だと評されました。週末や長期休暇のたびに沖縄から東京の撮影現場へと飛行機で通う二重生活を送りながらも、大里中学校での日常では決して特別扱いされることを望まず、地元の友人たちと過ごす穏やかな時間を何より大切にしていました。