本作の余韻を深めているのが、ZARDが歌う主題歌『夏を待つセイル(帆)のように』です。坂井泉水氏の澄み切った歌声と切なくも温かい歌詞は、海原を舞台にした物語、そして蘭と新一の強い絆、小五郎と英理の不器用な愛情に見事に重なります。
劇中では、沈みゆく船から脱出する過程で、蘭が少年探偵団からもらった「手作りの貝殻メダル」を拾い戻すために船内に取り残され、コナンが命がけで救出に向かうドラマチックな救出劇が展開します。絶体絶命の危機を乗り越えたエンディングで流れる本楽曲は、鑑賞後のカタルシスを何倍にも引き上げる名曲として、歴代コナン映画の主題歌ランキングでも常に上位に挙げられます。