石垣島は亜熱帯気候に属するため通年でツアーが催行されていますが、海況と快適性は月によって大きく異なります。
最も海が美しい黄金期：6月下旬〜9月（ベストシーズン）
沖縄の梅雨明け（例年6月中旬）直後に吹く強い南風「夏至南風（カーチバイ）」が収まると、石垣島は本格的な夏を迎えます。太平洋高気圧に覆われて晴天が続き、海面の透明度は30mを超えることも珍しくありません。太陽光が真上から差し込むため、洞窟内の「青の輝き」が最も鮮烈になるベストシーズンです。ただし、7月〜9月は台風の襲来リスクがあるため、旅行保険への加入と柔軟な日程調整が欠かせません。
混雑を避けて快適に楽しむ穴場期：4月〜5月・10月
春先（4〜5月）は水温が上がり始め、ウエットスーツを着用すれば快適に泳げるシーズンです。真夏のハイシーズンに比べて観光客の数が落ち着いており、洞窟内が混み合うことなくプライベート感のある体験が可能です。秋口（10月）も海水温が保たれており狙い目となります。
波が荒れやすい注意期：11月〜3月（冬季）
冬の石垣島は北風（ミーニシ）が強く吹き付けます。青の洞窟が位置する北西海岸は北風の影響をまともに受けるため、波が高くなりツアーの中止確率が年間で最も高くなります。冬季に訪れる場合は、北風を遮る南部のダイビングポイントやマングローブカヤックなど、代替プランをあらかじめ用意しておくスケジュール術が必須です。
