東山を語る上で欠かせないのが、全国トップクラスの実績を誇るクラブ活動の存在です。特にバスケットボール部は、全国高等学校総合体育大会（インターハイ）やウインターカップにおいて全国準優勝・優勝争いの常連であり、日本代表候補やBリーグで活躍するプロ選手を多数輩出しています。
また、バレーボール部も春高バレー（全日本バレーボール高等学校選手権大会）で全国制覇を果たすなど日本屈指の強さを誇り、サッカー部も全国高校サッカー選手権大会の京都府代表として上位進出の実績を重ねています。これら全国レベルの強豪部活の活躍は校内に強烈なエネルギーをもたらし、勉学に励む生徒たちにとっても大きな刺激となっています。
一般の進学コース生であっても、多彩な運動部・文化部で活動することが可能であり、「仲間とともにひとつの目標に向かって汗を流す」という男子校ならではの一体感が校風として根付いています。
